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吉林大学计算机科学与技术学院导师王林聪介绍

2020-11-12 16:29:00计算机科学与技术学院2
基本情况 姓名: 王林聪   性别: 男 职称: 教授 最高学历: 研究生 最高学位: 博士 详细情况 所在学科专业: 生物信息学 所研究方向: 基于结构的药物设计,计算分子生物学 讲授课程: 计算分子生物学 教育经历: 1986-1990浙江大学,生命学院,本科/学士
1998年5月于MichiganStateUniversity生物化学系获博士学位。
1999-2001theUniversityofMaryland,DepartmentofComputerScience,CollegePark,MD,USA.MasterProgram. 工作经历: 1998-2000在密歇根大学(TheUniversityofMichigan)生物物理研究部(BiophysicsResearchDivision)跟国际著名核磁共振专家Prof.ErikR.Zuiderweg做博士后研究。
2001-2006加入达特茅斯学院(DartmouthCollege)计算机系做研究助理教授。与国际著名人工智能专家和计算结构生物学专家,ACMFellow,Prof.BruceR.Donald共事。
2006-2007。在新泽西州立大学(RutgersUniversity)高等生物科技与医药研究中心研究(CABM)做研究助理教授。与国际著名结构生物学专家Prof.GuyMontelione共事。
2007-2010。在勃林格-殷格翰(BoehringerIngelheim)公司药物化学部结构研究组工作。主要研发项目是小分子药物跟蛋白质对接算法的设计、实施和分析,特别是用高通量的但没有归属的NMR数据来确定配体的模式的算法。期间研发了一套使用高通量实验数据准确地计算对接模式(dockingpose)的计算平台。 科研项目: 1.美国NIH基金项目NIH-R01-GM65982(申请者王林聪是主要参与者)
项目经费:120万美元。
项目名称:NMR信号自动归属和高通量蛋白质结构。
2.美国NSF基金项目EIA-030544(申请者王林聪是项目主要参与者)
项目经费:30万美元。
项目名称:计算生物学中的算法挑战。
3.美国NSF基金项目EIA-9802068(申请者王林聪是项目共同主持人)
项目经费:12万美元。
项目名称:物理几何算法(PhysicalGeometricAlgorithms)和高通量NMR结构生物学。 学术论文: •计算机科学会议论文(conferencepaper)
[1].S.Xu,S.ZouandL.WangAGeometricClusteringAlgorithmandItsApplicationstoStructuralData.(RECOMB2014)(acceptancerate16.7%,RECOMBisoneofthemostprestigiousconferencesincomputationalbiologyandbioinformatics).
[2].L.Wang(2010)TheGeometricandElectrostaticPropertiesofBindingCavitiesandTheirUsageinProtein-LigandDocking.FrontierofComputerScienceandTechnology,Changchun,China(August2010)pp.442–447.
[3].L.WangandB.R.Donald(2006)AData-Driven,SystematicSearchAlgorithmforStructureDeterminationofDenaturedorDisorderedProteins.TheComputationalSystemsBioinformaticsConference(CSB),StanfordCA(August,2006)pp.67–78(BestPaperAward)。
[4].L.WangandB.R.Donald(2005).AnEfficientandAccurateAlgorithmforAssigningNuclearOverhauserEffectRestraintsUsingaRotamerLibraryEnsembleandResidualDipolarCouplings.IEEEComputerSocietyBioinformaticsConference(CSB2005),StanfordCA(August,2005)pp.189–202。
[5].L.Wang,R.MettuandB.R.Donald(2005).AnAlgebraicGeometryApproachtoBackboneStructureDeterminationfromNMRData.IEEEComputerSocietyBioinformaticsConference.IEEEComputerSocietyBioinformaticsConference(CSB2005)StanfordCA(August,2005)pp.235–246。
[6].L.WangandB.R.Donald(2004).AnalysisofaSystematicSearch-BasedAlgorithmforDeterminingProteinBackboneStructurefromaMinimalNumberofResidualDipolarCouplings.TheIEEEComputationalSystemsBioinformaticsConference(CSB2004),StanfordCA(August,2004)pp.319-330。
[7].C.Langmead,A.Yan,R.Lilien,L.WangandB.R.Donald(2003).APolynomial-TimeNuclearVectorReplacementAlgorithmforAutomatedNMRResonanceAssignments.ProceedingsoftheSeventhAnnualInternationalConferenceonResearchinComputationalMolecularBiology(RECOMB2003),176-187.Berlin,Germany,April10-13。
[8].L.Wang,R.Mettu,R.LilienandB.R.Donald(2003).AnExactAlgorithmforDeterminingProteinBackboneStructurefromNHResidualDipolarCouplings.IEEEComputerSocietyBioinformaticsConference(CSB2003),611-612.Stanford,CA,August11-14.(BestPosterAward)。
•杂志论文(生物化学,生物物理,结构生物学和计算机科学)
[1].L.Wang,Y,Hou,H.Quan,W.Xu,Y.Bao,Y.Li,Y.Fu,S.Zou(2013)ACompound-BasedComputationalApproachfortheAccurateDeterminationofHotSpots.ProteinScience22(8):1060-70.
[2].X.Y.Yuan,D.Y.Fu,X.F.Ren,X.Fang,L.Wang,S.Zou,andY.Wu(2013)HighlySelectiveAza-nitrileInhibitorsforCathepsinK,StructuralOptimizationandMolecularModeling.Org.Biomol.Chem.11(35):5847-5.
[3].X.F.Ren,H,W.Li,X.Fang,Y.Wu,L.Wang,andS.Zou(2013)HighlySelectiveAzadipeptideNitrileInhibitorsforcathepsinK:Design,SynthesisandActivityAssays.Org.Biomol.Chem.11(7):43-8.
[4].L.Wang,S.Zou,andY.Wang(2012)Algorithmicchallengesinstructure-baseddrugdesignandNMRstructuralbiology.Front.Electr.Electron.Eng.7(1):69-84.
[5].J.Zeng,J.Boyles,C.Tripathy,L.Wang,A.Yan,P.Zhou,andB.R.Donald(2009)High-ResolutionProteinStructureDeterminationStartingwithaGlobalFoldCalculatedfromExactSolutiontotheRDCEquations.J.Biomol.NMR,45(3):265-281.
[6].L.Wang,P.Rossi,C,X.Chen,C.Nwosu,K.Cunningham,L.C.Ma,R.Xiao,J.Liu,M..C.Baran,G..T.V.Swapna,T..B.Acton,R.Burkhard,andG.T.Montelione(2007).NortheastStructuralGenomicsConsortiumTargetSiR5(PDBID2OA4),RCSB.
[7].L.Wang,P.Rossi,C..X.Chen,C.Nwosu,K.Cunningham,L.C.Ma,R.Xiao,J.Liu,M..C.Baran,G..T.V.Swapna,T..B.Acton,R.Burkhard,andG.T.Montelione(2007).NortheastStructuralGenomicsConsortiumTargetRHR5(PDBID2JRT),RCSB.
[8].L.WangandW.Hu(2006)ResidualDipolarCouplings:Measurementsandapplicationstobiomolecularstudies.AnnualReportsonNMRSpectroscopy,58:232–304。
[9].L.Wang,R.MettuandB.R.Donald(2006).APolynomial-timeAlgorithmforDeNovoProteinBackboneStructureDeterminationfromNMRData.JournalofComputationalBiology13(7):1276-1288。
[10].L.WangandB.R.Donald(2004)ExactSolutionsforInternuclearVectorsandBackboneDihedralAnglesfromNHResidualDipolarCouplingsinTwoMedia,andTheirApplicationinaSystematicSearchAlgorithmforDeterminingProteinBackboneStructure.J.Biomol.NMR,29(3):223–242。
[11].C.Langmead,A.Yan,R.Lilien,L.WangandB.R.Donald(2003).APolynomial-TimeNuclearVectorReplacementAlgorithmforAutomatedNMRResonanceAssignments.JournalofComputationalBiology11(2–3):277–298。
[12].L.Wang,Y.Pang,T.Holder,J.R.Brender,A.V.Kurochkin,andE.R.P.Zuiderweg(2001)FunctionalDynamicsintheActiveSiteoftheRibonucleaseBinase.ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences,USA,98,7684–7689。
[13].L.Wang,A.V.KurochkinandE.R.P.Zuiderweg(2000)AnIterativeFittingProcedurefortheDeterminationofLongitudinalNMRCross-CorrelationRates.J.Magn.Reson.144,175-185。
[14].M.Pellecchia,Y.Pang,L.Wang,A.V.Kurochkin,A.KumarandE.R.P.Zuiderweg(1999)QuantitativeMeasurementofCross-CorrelationsBetween15Nand13COChemicalShiftAnisotropyRelaxationMechanismsbyMultipleQuantumNMR.J.Am.Chem.Soc.121,9165-9170。
[15].Y.Pang,L.Wang,M.Pellecchia,A.V.KurochkinandE.R.P.Zuiderweg(1999)EvidenceforExtensiveAnisotropicLocalMotionsinaSmallEnzymeUsingaNewMethodtoDetermineNMRCross-CorrelatedRelaxationRatesintheAbsenceofResolvedScalarCoupling.J.Biomol.NMR14(4),297-306。
[16].L.WangandH.Yan(1999)NMRStudiesofTypeIIHumanCellularRetinoicAcidBindingProtein.BiochimicaetBiophysicaActa1433,240-252。
[17].L.Wang,Y.Li,F.Abildgaard,J.L.MarkleyandH.Yan(1998)NMRSolutionStructureofTypeIIHumanCellularRetinoicAcidBindingProtein:ImplicationsforLigandBinding.Biochemistry37,12727-12736。
[18].L.WangandH.Yan(1998)NMRStudySuggestsaMajorRoleforArg111inMaintainingtheStructureandDynamicalPropertiesofTypeIICellularRetinoicAcidBindingprotein.Biochemistry37.13021-13032。
[19].X.Chen,M.Tordova,G.L.Gilliland,L.Wang,Y.Li,H.YanandX.Ji(1998)CrystalStructureofCellularRetinoicAcidBindingProteinTypeII:SuggestionsaMechanismofLigandEntry.J.Mol.Biol.278,641-653。
[20].H.Yan,L.WangandY.Li(1997)ANovelMethodforMeasuringtheBindingPropertiesoftheSite-DirectedMutantsofTheProteinsthatBindingHydrophobicLigands:ApplicationtoCellularRetinoicAcidBindingProteins.InTechniquesinProteinChemistryVIII(MarshakD.R.Ed.),449-456.AcademicPress,SanDiego。
[21].L.Wang,Y.LiandH.Yan(1997)HumanCellularRetinoicAcidBindingProteins:QuantitativeAnalysisoftheLigandBindingPropertiesoftheWild-TypeandSite-DirectedMutants.J.Biol.Chem.272,1541-1547。 获奖情况: 最佳论文(BestPaper)奖,TheComputationalSystemsBioinformaticsConference(CSB2006),由IEEE计算机学会与美国电脑协会(ACM)联和发起。
最佳会议展板(BestPoster)奖,TheComputationalSystemsBioinformaticsConference(CSB2003),由IEEE计算机学会与美国电脑协会(ACM)联合发起。
研究奖学金(ResearchFellowship),密歇根州立大学。

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